(一)指标解释欠明确，措辞过于专业化?方案中个别指标解释含糊或过于统计专业化，基层普查员多数未从事过统计工作，靠一次培训很难对方案全面理解和掌握，操作起来难免有出入，易造成系统性误差。如从事行业和住户经营类别、林地和园地折算面积、有效灌溉面积、大棚和温室面积、财政收支、乡村公路里程、镇区占地面积和企业个数等指标，由于指标涵义和计算方法解释不明确或措辞过于专业化，普查员不易理解，填表时很难把握，给质量控制工作增加了难度，直接影响了数据质量。
(二)不同普查间同类项目设置重复，指标交叉且口径不统一，如农业普查规定，从业人员不足8人及城关镇办乡镇企业不填报，工业普查时只要有一定经营规模，不考虑人数多少，全部予以登记，造成农业普查与工业普查数据脱节。其结果，不仅浪费了大量人财物力，而且一门两数自相矛盾，造成重复劳动，甚至无效劳动，不利于普查成果的开发利用。
(三)方案设计不完善，部分项目和指标欠严谨，难以开发利用，从业时间一个月以下，没有下限规定，许多实际不在业的也视为就业人员，人为扩大了从业人员数量；从事主要行业项目中，把大农业细分为种植业、畜牧业、林业、渔业和农业服务业进行填报，也不科学，一个从业人员一年中可能从事多种行业，但只能选取一种，因而丢失了其它行业信息，造成农业内部就业结构与实际不
(四)普查对象和内容“大而全”，时间过于集中，与基层工作能力不符?这次农业普查共“四表二卡”38个项目、687个指标，涉及了农村的方方面面，且登记时间相对集中。一方面，艰巨的任务与当前基层统计力量薄弱、普查人员业务素质低的实际不相符，加上个别地方由于领导重视程度不够或宣传不到位或限于经济条件，“六到位”落实不力，工作开展被动，另一方面，第一次农业普查无成功经验可借鉴，各级只能边干边摸索，过于求全、求细，势必增加普查工作的困难。从普查内容和数据来源看，普查与专项调查和重点调查结合不力，“行政村表”和“乡镇调查表”中多数指标缺乏数据基本来源，只能从全面统计报表收集填报，特别是户数人口、灌溉情况、农机和设备、镇区情况和乡镇企业收入等指标，不进行专门调查或重点调查，很难保证数据真实可靠，因而，不宜列入这次农业普查内容。
(五)数据处理方法有待改进?这次农业普查采用先进的光电录入方法，有其优点，但不足也很明显。一是时间长。农业普查数据集中市地录入处理，工作量大，且机器有限，只能顺序录入，造成先录和最后录入的单位间隔达4个月之久，耗时太长，虽有利于组织管理，但不利于调动县乡积极性。二是费用高。光电表及附加的配套草表印刷成本高，转抄耗费的人力、财力大，另外，光电机及辅助设备购置，录入和答疑人员补助及组织管理消耗了大量精力和人、财、物力，加重了地方负担。三是不利于控制数据质量。一方面由于业务人员素质低，答疑纠错工作快慢不均，质量把握高低不一；另一方面，市农普办业务人员少，既负责后勤保障，又要对质量进行全面控制，尽管全力以赴，仍难以面面具到，工作相对被动。
(六)机审程序设计较粗，审核功能不强?这次农业普查数据处理程序编写明显滞后，而且也不完善，特别是程序审核功能设计太粗，表与表、相关指标之间的审核关系几乎没有涉及，靠人工审核力不从心，给质量控制工作带来困难，省市两级不得不投入大量精力，编写和追加二审功能，造成地区间数据处理工作难以规范和统一，数据质量很难保证。
(七)普查方法缺乏约束力，个别普查员和被调查者责任感不强，一定程度上影响了普查数据质量?普查工作作为一项政府行为，目的明确，意义重大，各级为确保普查一次成功，投入了大量的人财物力，进行了广泛的社会动员，采取了各种行之有效的措施，甚至运用行政手段，但普查本身缺少法律制约，基层普查员和农民个人也很难从宏观角度来考虑农业普查的重大意义，加上文化素质高低不一，导致配合程度差，回答带有随意性，甚至担心利益受损而有意瞒报。实际工作中我们发现，时点指标如人口、耕地、家畜和家禽存拦数字基本符合实际，但一些时期指标如从业时间、播种面积、家畜和家禽出栏指标，需要通过回忆取得，有漏报现象，加上个别普查员责任心不强，复查走过场，一定程度上影响了源头数据质量。
总之，这次农业普查方案不足之处还不少，从技术角度仅列以上几点。为使今后的农业普查方案更加科学合理和具有更强的可操作性，建议应认真吸取这次普查所取得的经验和教训，大力开展调查研究，制订更加完善的普查方案和更加科学合理的普查指标体系，使之既能与国际标准接轨，又能与农村统计调查体系融为一体；既考虑普查的全国统一性，又要考虑地区的特殊性，留有余地，增强方案设计的灵活性和实用性。要本着“精减、高效、实用”的原则，减少调查对象，压缩调查内容，降低调查成本，提高调查质量，同时要加强各种普查设计的协调和内容的衔接，避免重复劳动，提高普查效率
